2005-05-13: ヒトセミナー(3)
担当者 OtakeM 登録日時 2006-04-12 23:28 (3561 ヒット) 日時:2005年5月13日(金)10:30-12:00 場所:柏総合研究棟 発表者:岩崎渉 所属:東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻 修士課程一年(発表時) タイトル:生体内ネットワークの構成的理解 キーワード:ゲノム、シミュレーション、タンパク質ネットワーク、神経ネットワーク、細胞間コミュニケーション 書誌:岩崎渉,生体内ネットワークの構成的理解.ヒトセミナー要旨集, no.3, pp.1, 2005.
(本発表ならびに本要旨について引用する際は、こちらをご利用ください。) 要旨: 本レビューでは,生体内ネットワークを構成的に理解しようとしている3つの挑戦を紹介する. 1. タンパク質相互作用ネットワークから,哺乳類の細胞機能を理解する 生物の遺伝情報は,DNA上に遺伝子という形で存在している.これらの遺伝子から転写・翻訳を経てタンパク質が作られ,そしてこのタンパク質のネットワークが,細胞の機能を司っている.したがって,細胞内のタンパク質ネットワークを理解することは,生命のより深い理解につながる. 2. 神経細胞のネットワークから,線虫の行動を理解する 多くの動物の行動は,神経細胞のネットワークにより制御されている.したがって,ヒトを始めとする動物についての理解を深めるために,神経ネットワークを解析することは価値があると言える.単純な生物の神経ネットワークの解析について,注目すべき研究結果が得られてきている. 3. 細胞間相互作用ネットワークから,ショウジョウバエの発生を理解する 多細胞生物は,1つの受精卵が分裂し,分化し,複雑な構造を形作ることで成熟した個体となる.この過程の中で,細胞は互いにコミュニケーションをとり,正確なパターンを形作る.したがって,ヒトを含む多細胞生物を理解するためには,この細胞間相互作用ネットワークの理解が重要である. 参考文献: [1] Sasagawa, S., Ozaki, Y., Fujita, K. & Kuroda, S. Prediction and validation of the distinct dynamics of transient and sustained ERK activation. Nat Cell Biol 7, 365-73 (2005). [2] International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 409, 860-921 (2001). [3] Venter, J. C. et al. The sequence of the human genome. Science 291, 1304-51 (2001). [4] International Human Genome Sequencing Consortium. Finishing the euchromatic sequence of the human genome. Nature 431, 931-45 (2004). [5] Rat Genome Sequencing Project Consortium. Genome sequence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution. Nature 428, 493-521 (2004). [6] Tomita, M. et al. E-CELL: software environment for whole-cell simulation. Bioinformatics 15, 72-84 (1999). [7] Blattner, F. R. et al. The complete genome sequence of Escherichia coli K-12. Science 277, 1453-74 (1997). [8] Gray, J. M., Hill, J. J. & Bargmann, C. I. A circuit for navigation in Caenorhabditis elegans. Proc Natl Acad Sci U S A 102, 3184-91 (2005). [9] The C. elegans Sequencing Consortium. Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology. Science 282, 2012-8 (1998). [10] Sulston, J. E., Schierenberg, E., White, J. G. & Thomson, J. N. The embryonic cell lineage of the nematode Caenorhabditis elegans. Dev Biol 100, 64-119 (1983). [11] Dunn, N. A., Lockery, S. R., Pierce-Shimomura, J. T. & Conery, J. S. A neural network model of chemotaxis predicts functions of synaptic connections in the nematode Caenorhabditis elegans. J Comput Neurosci 17, 137-47 (2004). [12] von Dassow, G., Meir, E., Munro, E. M. & Odell, G. M. The segment polarity network is a robust developmental module. Nature 406, 188-92 (2000). [13] Ingolia, N. T. Topology and robustness in the Drosophila segment polarity network. PLoS Biol 2, e123 (2004). [14] Adams, M. D. et al. The genome sequence of Drosophila melanogaster. Science 287, 2185-95 (2000). [15] Kajita, A., Yamamura, M. & Kohara, Y. Computer simulation of the cellular arrangement using physical model in early cleavage of the nematode Caenorhabditis elegans. Bioinformatics 19, 704-16 (2003). [16] Aegerter-Wilmsen, T., Aegerter, C. M. & Bisseling, T. Model for the robust establishment of precise proportions in the early Drosophila embryo. J Theor Biol 234, 13-9 (2005). [17] Izaguirre, J. A. et al. CompuCell, a multi-model framework for simulation of morphogenesis. Bioinformatics 20, 1129-37 (2004). |